Het woord ‘antigeen’ stamt uit het Engels (antigen) en is een verkorte samenvoeging van antibody (= antilichaam) en generator. Een antigeen is dus oorspronkelijk gedefinieerd als de kleinste eenheid van een micro-organisme of een macromolecuul die in staat is om antilichamen op te wekken. Het verworven immuunsysteem wordt op een specifieke manier geactiveerd door antigenen. Hierbij spelen de antigeenreceptoren op B- en T-lymfocyten een belangrijke rol. De antigeenreceptor op B-lymfocyten bestaat uit het membraanimmuunglobuline en wordt de B-celreceptor genoemd. Deze receptor kan direct antigeen binden. T-lymfocyten herkennen antigeen alleen via hun T-celreceptor alleen als het gepresenteerd wordt in de context van MHC-moleculen, die daarmee de ‘presenteerblaadjes’ van het immuunsysteem beschouwd kunnen worden. MHC- moleculen presenteren onderdelen (peptiden) van eiwitten. De eiwitten worden eerst in de antigeenpresenterende cel afgebroken tot peptiden, die vervolgens in de bindingsgroeve van MHC worden gepresenteerd. De T-celreceptor herkent zowel het gepresenteerde peptide als MHC. Variatie in MHC tussen mensen leidt tot variatie in het vermogen om verschillende antigenen te presenteren. Het polymorfe karakter van MHC is relevant voor de overleving van de populatie.
