In het gezonde menselijk lichaam zijn de volgende plaatsen steriel: cerebrospinale vloeistof, de lagere luchtwegen onder de larynx, de blaas, het beenmerg, bloed, sereuze vloeistoffen en weefsels. Aanwezigheid van micro-organismen op deze locaties wijst op een infectie. De slijmvliezen van de hogere luchtwegen boven de larynx, de tractus digestivus, de tractus genitalis bij de vrouw en de urethra zijn niet steriel; deze zijn gekoloniseerd met commensale flora. Commensale flora wil zeggen dat er microorganismen leven zonder de mens te schaden. Onder ongunstige omstandigheden kunnen deze organismen wel pathogeen worden en een opportunistische infectie veroorzaken. De aanwezigheid van commensale flora kan het zoeken naar een verwekker van een infectieziekte bemoeilijken, omdat het contaminatie van het materiaal veroorzaakt.
