In combinatie met de onderliggende ziekte kan mechanische beademing het functioneren van organen en het verloop van processen op diverse manieren beïnvloeden. De circulatie en perfusie van organen en weefsels worden beïnvloed door een verandering van het hartminuutvolume, door veneuze stuwing, afgenomen lymfedrainage en de vasoactieve eigenschappen van kooldioxide en zuurstof. Bovendien treedt vochtretentie op door het effect van mechanische beademing op diverse hormonale regelsystemen en kunnen inflammatoire mediatoren het immuunsysteem zodanig activeren dat dit tot schade aan de longen en andere organen leidt. Het gebruik van zuurstof kent bijwerkingen, evenals de aanwezigheid van een interface en de medicatie die gebruikt wordt om mechanische beademing te faciliteren; ten slotte kan mechanische beademing de slaapkwaliteit beïnvloeden.