Binnen de plastische en reconstructieve chirurgie ziet men soms patiënten met bepaalde afwijkingen van de genitaliën, bijvoorbeeld als gevolg van hormonale afwijkingen. Ook een verkeerd aangelegde urethra en te grote labiae kunnen door de plastisch chirurg worden geopereerd. Tevens voert de plastisch chirurg in multidisciplinair verband reconstructies na oncologische resecties uit. Daar deze operaties ook door andere specialismen worden verricht, worden deze hier niet behandeld. De aanpassing van de uiterlijke geslachtskenmerken van man naar vrouw en van vrouw naar man, bij genderdysforie, behoort eveneens tot de plastische chirurgie aan de genitaliën. Hieraan gaat een lang traject vooraf van onder meer psychologische onderzoeken en hormoonbehandelingen. Als een man met een gender identity disorder zich wil laten transformeren tot vrouw, dan worden een orchidectomie en een vaginaplastiek verricht. Van de preputiumlap van de glanspenis worden de binnenste deel van de schaamlippen en de neoclitoris gevormd. Een perineoscrotale lap en de penislap vormen de binnenbekleding van de neovagina. De patiënte moet haar leven lang de vagina dilateren.
