De mens wordt omgeven door een breed spectrum van microorganismen waaronder virussen, bacteriën, schimmels, gisten en wormen. Ook in en op het lichaam zijn altijd micro-organismen aanwezig. Bacteriën zijn niet gelijkmatig verdeeld over de lichaamsoppervlakken. Elk direct of indirect aan de buitenwereld blootgesteld deel van het lichaam is gekoloniseerd met zijn eigen, karakteristieke flora (formeel is de term ‘flora’ niet correct wanneer over bacteriën wordt gesproken omdat ze niet tot het plantenrijk behoren: een juistere benaming is microbiota). Bacteriën op de huid worden overal aangetroffen, maar vooral grote aantallen in de oksels, in de bilnaad en perineum en tussen de tenen. Al lijkt hun aantal schrikbarend hoog (circa 108-9), samen nemen ze minder volume in dan één suikerkorreltje. Evenzoveel bacteriën zijn aanwezig in elke milliliter speeksel, en vele malen hogere aantallen in de darmen, tot wel 1011-12 bacteriën per gram feces in de endeldarm. Samen zijn de bacteriën goed voor 1,5 kilogram van het lichaamsgewicht (figuur 10.1). Zo zijn er ruim tien keer meer bacteriën op en in het lichaam aanwezig dan iemand eigen lichaamscellen bezit. Onder de aanwezige bacteriën bevinden zich potentieel ziekmakende (pathogene) micro-organismen, naast onschuldige en vaak zelfs nuttige soorten. De mens leeft in een voortdurende wisselwerking met al deze micro-organismen. Bij deze wisselwerking en de handhaving van het evenwicht daarin speelt het immuunsysteem een cruciale rol.
