Autisme gaat vaak samen met lichamelijke afwijkingen. Inzichten uit de evolutionaire ontwikkelingsbiologie kunnen een verklaring bieden voor dit verband. Er is tijdens de embryonale ontwikkeling een periode, de vroege organogenese, bij mensen tussen dag 20 en 40 na de bevruchting, waarin er intensieve interactie is tussen verschillende lichaamsdelen. Dit heeft als consequentie dat een verandering in het ene lichaamsdeel invloed heeft op de ontwikkeling van het andere lichaamsdeel. Dit worden pleiotropische effecten genoemd. Het feit dat autisme kan samengaan met verschillende lichamelijke afwijkingen, die ontstaan tijdens de vroege organogenese, wijst erop dat autisme ook kan ontstaan tijdens deze vroege embryonale periode. De hersenafwijkingen die vaak worden waargenomen bij mensen met autisme bevinden zich in gebieden die worden aangelegd tijdens de vroege organogenese. Dit duidt erop dat de hersenafwijkingen en de andere lichamelijke afwijkingen een gemeenschappelijke oorsprong hebben, en dat autisme veel vroeger tijdens de prenatale ontwikkeling ontstaat dan voorheen gedacht werd. Onderzoek heeft uitgewezen dat ook schizofrenie vaak samengaat met diverse lichamelijke afwijkingen, wat erop duidt dat ook schizofrenie tijdens de vroege organogenese kan ontstaan.
