(Pathogene) micro-organismen die het lichaam binnendringen, worden direct aangepakt door het aangeboren immuunsysteem (hoofdstuk 2). Het merendeel van de micro-organismen zal uitgeschakeld en geëlimineerd worden door bactericide stoffen en opgeruimd worden door middel van fagocytose. Het zijn vooral neutrofiele granulocyten en macrofagen die als fagocyt actief zijn en die de voornaamste effectorcellen van het aangeboren immuunsysteem vormen. Micro-organismen en hun producten worden niet alleen direct opgenomen door de fagocyten maar zijn daarnaast in staat om deze cellen, en ook dendritische cellen, zodanig te stimuleren dat ze cytokinen en chemokinen gaan synthetiseren en uitscheiden. Belangrijke cytokinen hierbij zijn TNF-α, IL-1 en IL-6 (zie hoofdstuk 2). Deze cytokinen zorgen ervoor dat er meer (en ook andere) cellen tot activatie worden aangezet. Het endotheel van bloedvaten wordt op deze wijze geactiveerd. Hierdoor komen op de lokale endotheelcellen adhesiemoleculen voor leukocyten tot expressie. Het gevolg is onder andere dat er meer cellen van het aangeboren immuunsysteem naar de plaats van infectie gerekruteerd zullen worden, die kunnen helpen bij het bestrijden van de infectie.
