De diagnostiek bij een vrouw met vaginale klachten is typisch huisartsenwerk. In de praktijk kan bijna altijd nauwkeurig worden vastgesteld of er pathologie bestaat of niet. Bij een derde van de vrouwen die de huisarts met een vaginale klacht bezoeken wordt geen microbiologisch bepaalde aandoening gevonden.
Als er sprake lijkt te zijn van een door micro-organismen veroorzaakte aandoening dient nagegaan te worden of er sprake kan zijn van een soa. Wanneer anamnese en lichamelijk onderzoek daarvoor aanwijzingen opleveren, moet aanvullende diagnostiek met behulp van een extern laboratorium plaatsvinden. Veel aanvullend onderzoek kan echter in de praktijk zelf gedaan worden Bij vaginale klachten in de fertiele fase biedt specialistisch aanvullend onderzoek geen extra mogelijkheden.