Een karakteristieke en fundamentele eigenschap van het immuunsysteem is dat het onderscheid kan maken tussen lichaamseigen en lichaamsvreemd. Zowel het aangeboren als het verworven immuunsysteem is in staat een dergelijk onderscheid te maken, hoewel de wijze waarop dit gebeurt verschilt. De cellen van het aangeboren immuunsysteem maken dit onderscheid met een relatief klein aantal receptoren: de patroonherkenningsreceptoren (PRR’s), die alleen pathogeen-geassocieerde moleculaire patronen herkennen (PAMP’s;pathogen associated molecular patterns). Dergelijke moleculaire patronen zijn afwezig op lichaamscellen. De cellen van het verworven immuunsysteem, de B- en T-lymfocyten, hebben als gemeenschappelijke en unieke eigenschap, dat ze tegen vrijwel ieder antigeen (micro-organisme) dat het lichaam bedreigt, moeten kunnen reageren op uiterst specifieke wijze. Deze cellen zijn daartoe uitgerust met antigeenreceptoren (membraanimmuunglobuline (mIg) en T-celreceptor (TCR)). De variatie aan antigeenreceptoren is vrijwel ongelimiteerd en wordt in principe op willekeurige wijze aangelegd tijdens de vorming van Ben T-lymfocyten in beenmerg en thymus. Hierdoor kunnen er ook antigeenreceptoren gevormd worden die kunnen binden aan autoantigenen (dat wil zeggen antigenen die op lichaamseigen cellen en moleculen voorkomen). Dit levert een potentieel gevaarlijke situatie op en brengt als risico met zich mee dat het immuunsysteem gaat reageren tegen lichaamseigen cellen en moleculen. Om te voorkomen dat het immuunsysteem in actie komt tegen het eigen lichaam, beschikt het over ‘immunologische tolerantie’. Door deze tolerantie is het mogelijk dat het immuunsysteem ‘eigen’ ongemoeid laat maar wel in actie kan komen tegen ‘vreemd’.
