Het is belangrijk om te weten waarom, wanneer en bij welke aandoeningen een geneesmiddel gebruikt kan worden. Het is tegelijkertijd net zo belangrijk om te weten wanneer een geneesmiddel niet gebruikt mag worden. Dit wordt een contra-indicatie genoemd. Aandoeningen of omstandigheden maken dat sommige geneesmiddelen niet mogen worden gebruikt. Een verminderde lever- of nierfunctie, zwangerschap en borstvoeding zijn voorbeelden van contra-indicaties. Bij de medicatiebewaking wordt onderscheid gemaakt in relatieve en absolute contra-indicaties. Bij een relatieve contra-indicatie mag het geneesmiddel onder voorwaarden worden gebruikt. Dit kan bijvoorbeeld door de dosering te verlagen. Bij een absolute contra-indicatie moet het gebruik van het geneesmiddel altijd worden vermeden. Ook een intolerantie of overgevoeligheid kan een contra-indicatie zijn. De ernst van de overgevoeligheidsreactie kan zelfs verder toenemen bij hergebruik van het geneesmiddel.