Vaak wordt bij pijn uitgegaan van twee mogelijkheden: er is ofwel een somatische oorzaak, en als deze niet gevonden wordt, wordt een psychische oorzaak verondersteld. Dit is een vorm van simplistisch dualisme, waarbij allerlei andere verklaringswijzen over het hoofd worden gezien. Het onderscheiden van drie oorsprongsgebieden geeft een genuanceerder beeld: (1) Somatogeen wil zeggen dat zenuwuiteinden in de betreffende lichaamsstructuur geactiveerd zijn (dermatogeen: huid; artrogeen: gewricht; myogeen: spier; viscerogeen: ingewand). (2) Neurogeen betekent dat het pijnverwerkende systeem zélf (perifeer of centraal) veranderd of gestoord is. (3) Met psychogeen/sociogeen bedoelen we dat psychologische en sociale factoren een belangrijke rol spelen (bijv. stress, emoties, cognities). De oorzaak van pijn kan op berusten op factoren in ieder van deze drie gebieden, maar het kan ook voorkomen dat er één bepaalde ontstaanswijze dominant is. Afhankelijk van de oorsprong van de pijn zijn er kenmerkende verschillen. Herkenning van deze verschillen is van belang voor de diagnostiek en therapie.
