De hersenstam is de doorgangsweg van het ruggenmerg naar de hersenen en omgekeerd. Voorts functioneert de stam als ‘het ruggenmerg’ voor de craniale zintuigen en spieren. Diverse biogene aminen worden in de stam geproduceerd. Ze zorgen voor stemming, vigilantie, aandacht en initiatief. Van de 12 hersenzenuwen zijn er 10 die naar de hersenstam gaan of vanuit de hersenstam komen. Ze worden, anders dan de spinale zenuwkernen, veelal door beide cortexhelften bestuurd. De hersenstam verzorgt diverse vitale functies en automatische motoriek. Bij uitval van de hersenstam ontstaat een levensbedreigende toestand. Door middel van een EMV-score kan een indruk van de functie van de hersenstam worden verkregen. Bij discrete uitval zijn vele verschillende syndromen mogelijk, waarbij door combineren van de klinische verschijnselen de plaats van het probleem duidelijk kan worden.