Primaire immuundeficiënties (aangeboren defecten in de afweer) zijn zeldzaam en verschillen sterk in klinische presentatie. Ernstige en/of ongewoon verlopende infecties zijn klinische aanwijzingen voor een onderliggende immuundeficiëntie. Ongebruikelijke of opportunistische infecties kunnen wijzen op een onderliggende immuundeficiëntie van zowel het humorale als het cellulaire immuunsysteem. Humorale immuundeficiënties zijn complete of gedeeltelijke stoornissen in de vorming van antilichamen. Cellulaire en gecombineerde immuundeficiënties kunnen deel uitmaken van syndromen waarbij ook andere orgaan- en celsystemen zijn betrokken. Immuundisregulatiedefecten kunnen leiden tot immuundeficiëntie en lymfoproliferatieve aandoeningen. Defecten in het functioneren van cellen van het aangeboren immuunsysteem leiden tot ernstig verlopende infecties. Ook het frequent optreden van koorts zonder aanwijsbare verwekker of andere oorzaak kan duiden op een onderliggende immuundeficiëntie. Complementdeficiënties leiden tot ernstige bacteriële infecties en tot auto-immuunfenomenen. Behalve mutaties kunnen ook genetische polymorfismen die leiden tot een niet goed functionerend product, bijdragen tot verhoogde gevoeligheid voor infecties. Het functioneren van het immuunsysteem kan los van erfelijke afwijkingen eveneens worden beïnvloed door externe en leefstijlfactoren; dit wordt een verworven immuundeficiëntie genoemd. Leeftijd (neonaten, veroudering), voeding (voedingspatroon en samenstelling), onderliggende ziekten en gebruik van immunosuppressieve medicatie hebben allemaal impact op de afweer en daarmee gevoeligheid voor infecties.
