Verreweg de meeste micro-organismen bevinden zich aan de slijmvliezen van luchtwegen en maag-darmkanaal. Bovendien vormen de slijmvliezen het grootste lichaamsoppervlak. Het mucosa-geassocieerde lymfoïde weefsel (MALT) beschikt over speciale eigenschappen, waarbij enerzijds afweer moet worden verzorgd tegen mogelijk binnendringende micro-organismen maar tegelijkertijd zo veel mogelijk ontstekingsactiviteit wordt voorkomen. De tonsillen vormen een beschermende ring van lymfoïd weefsel in de neus-keelholte. In de mondholte heeft speeksel een belangrijke beschermende werking. Bij de bescherming van het maag-darmkanaal werken verschillende mechanismen samen. Het immuunsysteem van het urogenitale stelsel verschilt van andere delen van het slijmvlies-geassocieerde immuunsysteem. De hersenen en ogen worden immune priviliged sites genoemd, afgeschermde plaatsen in het lichaam waar het immuunsysteem moeilijk toegang toe heeft. Bij zwangerschap beschermen immunologische interacties de foetus. Dit hoofdstuk geeft een overzicht van de afweer zoals deze zich aan en in de slijmvliezen afspeelt. Veel van de moleculen, cellen en structuren zijn in voorgaande hoofdstukken besproken; in dit hoofdstuk komt alleen aan bod wat bijzonder of kenmerkend is voor de verschillende onderdelen van het mucosale immuunsysteem (mucosa associated lymphoid tissue, MALT). Achtereenvolgens worden de regionale afweer in longen (bronchus associated lymphoid tissue, BALT), maag-darmkanaal (gut associated lymphoid tissue, GALT), hersenen, ogen, behandeld. Een bijzondere vorm van regionale immuniteit is die van plaatsen in het lichaam die vrijwel afgesloten zijn van de rest van het lichaam zoals ogen en hersenen.
