Zolang de pulpa gevrijwaard is van bacteriën treedt nauwelijks of geen ontsteking op. De aanwezigheid van micro-organismen is een voorwaarde voor het ontstaan van ernstige ontstekingen in de pulpa en het apicale parodontium. Wanneer bacteriën vanuit de mondholte de pulpa hebben bereikt, ontrolt zich vervolgens een dynamisch proces als gevolg van de opeenvolgende aanpassingen van soorten en aantallen microben aan het lokale milieu. Dit leidt tot een climax community waarin voornamelijk strikt anaerobe bacteriën samenleven, een biofilm vormen die zeer resistent is tegen antimicrobiële middelen en mechanismen en ontsteking van het apicale parodontium induceren. Het aantal soorten dat in het geïnfecteerde wortelkanaal wordt gevonden, varieert van 1 tot 20, het aantal bacteriecellen varieert tussen 102 en 1010 waarbij meer organismen worden gevonden bij grote en langer bestaande periapicale laesies. Tijdens de instrumentatie- en irrigatiefase van de wortelkanaalbehandeling wordt het aantal bacteriën drastisch verlaagd, colony forming units CFU (CFU < 102), maar zelden tot 0. Bij infectie van de pulpaholte zijn ook de dentinetubuli ernstig (104 CFU/g dentine) geïnfecteerd, terwijl bij chronische ontstekingen zelden micro-organismen in het periapicale weefsel worden aangetroffen, en dan alleen ook nog in zeer kleine aantallen. De microbiële flora van het geïnfecteerde wortelkanaal is verschillend in het coronale, middelste en apicale een derde deel. Evenzo is de flora van het gevulde wortelkanaal bij een persisterende ontsteking afwijkend van de primaire infectie voorafgaand aan de behandeling. In gevulde kanalen zijn de facultatief anaerobe organismen dominant, en deze worden beschouwd als opportunistische pathogenen.
