Bij het diagnosticeren van een endodontische afwijking is het belangrijk te achterhalen vanuit welk weefsel deze (pulpa, periapicaal of combinatie daarvan) afkomstig is. Hiertoe worden de volgende systematische stappen doorlopen: de anamnese, de omschrijving van de klachten, het extra- en intraorale onderzoek met diverse klinische testen en vaak röntgenonderzoek voor extra informatie. Hierna kan meestal de diagnose gesteld worden. Echter, de verkregen informatie uit het diagnoseproces geeft niet altijd een eenduidig en betrouwbaar resultaat. Dus behalve weten wat een omschrijving van een klacht, een uitkomst van een klinische test of een röntgenbeeld betekent, moet ook rekening gehouden worden met hoe eenduidig en betrouwbaar deze uitkomsten van de testen zijn. Voor het stellen van een diagnose wordt de endodontische afwijking geanalyseerd en worden de uitkomsten van klinische testen en röntgenonderzoek geïnterpreteerd. Dit is wellicht de grootste uitdaging bij het stellen van een diagnose.
